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Thèses/Post-docs/CDD achevés
CDD
 Mise en oeuvre de modèles bayésiens pour l'estimation de l'abondance de protéines
par Hao XU
- Dates : 01 octobre 2010 - 30 décembre 2010
- Responsable scientifique : Sylvie HUET (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas)
- École: Université de Paris-Sud 11 de master Ingénierie Mathématique (option: statistiques)
- Sujet: Mise en oeuvre de modèles bayésiens dans le cadre de l'étude de l'exploitation du phénomène d'hétérosis pour l'amélioration des levures d'oenologie.
Modélisation pour les études de coexistence entre cultures OGM et non OGM. Approche par méta-analyse.
par Baptiste LÉCROART
- Dates : 01 octobre 2009 - 30 septembre 2010
- Financement: Projet GCOM2AP
- Responsable scientifique : Hervé MONOD (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas)
- Description: voir le projet GCOM2AP
Analyse de données métagénomiques dans le cadre du projet ANR MICRO-Obes
par Amandine BLIN
Réalisation d'une interface utilisateur d'un logiciel d'analyse statistique de systèmes microbiologiques
par Ala Eddine TLIJANI
Mise en place d'une chaîne de traitement pour l'analyse de données post-génomiques
par Hafedh FAIRES
POST-DOCTORATS
Modélisation en morphogénèse
par Aurélie URBAIN
- Dates: 01 octobre 2009 au 30 septembre 2012
- Financement: ASC INRA
- Responsables scientifiques : Alain TRUBUIL (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas)
- Description (pdf, anglais)
(À partir de septembre 2012, Aurélie est Ingénieur d'Applications chez MathWorks dans le devenir des étudiants. )
Structure du paysage agricole et risque épidémique, une approche démo-génétique
par Julien PAPAIX
- Dates : septembre 2011 à mars 2012
- Responsables scientifiques : Hervé MONOD (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas) et Christian Lannou (BIOGER, INRA, Versailles-Grignon)
- Description: Lors de sa thèse, Julien s'est intéressé aux effets de la structure spatiale d’une population hôte sur l’écologie et l’évolution des populations pathogènes en milieu agricole. Pour compléter ce travail, il s''intéresse aujourd'hui à la prédiction d'épidémies de rouille brune, observées au champ, à partir de mesures des paramètres du cycle de vie faites en serre. A partir de mars, il étendra son travail de thèse aux systèmes naturels en étudiant les interactions entre le système de reproduction de la plante, la dynamique épidémique et le profil de coévolution entre hôte et pathogène dans un contexte spatial. Les deux premiers projets sont réalisés dans le cadre d'un partenariat avec l'unité BIOGER et le dernier sera effectué au CSIRO de Canberra.
- En savoir plus : voir sa thèse
Évaluer l'impact des flux et de la gestion des flux sur la bio-diversité
par Florence CARPENTIER
Classification methods for DNA barcoding
par Nicolas VERGNE
- Dates : 01 septembre 2008 au 31 décembre 2009
- Financement: ANR IFORA
- Responsables scientifiques : Catherine LARÉDO (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas)
- Description (pdf)
(À partir de février 2010, Nicolas est en post-doc à l'Institut Curie. A partir de septembre 2010, il est maître de conférence à l'université de Rouen.)
Modélisation quantitative probabiliste
par Elise BILLOIR
- Dates : 01 octobre 2008 au 30 juin 2009 (9 mois à MIA, suivis de 9 mois à l'unité Mét@risk (INRA) et 9 mois à l'Engref)
- Financement: ANR Quant'Haccp
- Responsables scientifiques : Jean-Baptiste DENIS (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas) (à Mét@risk, Isabelle ALBERT, et à l'Engref, Eric PARENT)
- Description: mise en oeuvre d'une modélisation quantitative probabiliste de deux sous projets : la contamination par listeria dans les lardons naturels lors de leur fabrication et la contamination par Clostridium perfringens dans des plats de viande en sauce en restauration collective. La démarche adoptée sera basée sur les réseaux bayésiens.
Mise au point d'un algorithme de prédiction de la structure 3D de protéines
par Abdellah EL FALLAHI
- Dates: 01 mai 2007 au 30 septembre 2008
- Financement: bourse Marie Curie
- Responsables scientifiques : Antoine VIGNERON et Kiên KIÊU
(A la suite de ce post-doc, Abdellah a rejoint France-Telecom à Belfort)
Modélisation Biologique
par Quan XUE
- Dates: 01 décembre 2006 au 30 mai 2008
- Financement: INRA
- Responsable scientifique : Juhui WANG
- Description
Modélisation appliquée en épidémiologie animale
par Sébastien GAUCEL
(Sébastien a été recruté en 2008 au Laboratoire de Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires de l'INRA à Thiverval-Grignon).
Modélisation de la compétition entre souches virales
par Marc SENNERET
THÈSES
2013
Modélisation probabiliste du risque sanitaire viral d'origine alimentaire
par Anne THÉBAULT
- Début : novembre 2008
- Soutenance: 17 janvier 2013
- Directeur : Jean-Baptiste DENIS (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas)
- Co-encadrant : Jean-Jacques DAUDIN (ABIES)
- Laboratoires d'accueil: DERNS, AFSSA, Maisons-Alfort ; MIA , INRA, Jouy-en-Josas
- École doctorale: ABIES
- Financement: salariée de l'AFSSA
- Description (English, html)
2012
Développement d'une méthode de prédiction ab initio de la structure 3D des protéines.
par Tristan BITARD FEILDEL
- Début : novembre 2009
- Soutenance: 21 décembre 2012, Paris 7
- Directeur : Jean-François GIBRAT (Unité MIG, INRA, Jouy-en-Josas)
- Co-encadrant: Antoine VIGNERON (dans MIA jusqu'en 2010)
- Ecole doctorale: B3MI
- Université: Paris Diderot (Paris 7)
- Financement: Bourse INRA
- Description: Le sujet de thèse s'intéresse à un problème important de la biologie moléculaire: la relation entre la séquence en acides aminés, la structure 3D et la fonction d'une protéine. Plus précisément, il s'agit d'étudier comment la séquence en acides aminés spécifie la structure 3D native unique d'une protéine et quelle est l'influence de cette structure 3D sur sa fonction. Outre son aspect fondamental, apporter une réponse à ce problème est également d'une grande importance pratique dans les domaines des biotechnologies (ingénierie des protéines) et de l'analyse des données génomiques et métagénomiques. La thèse vise à développer une nouvelle méthode permettant de s'attaquer à des cas difficiles qui ne peuvent pas ^etre traités par les méthodes plus classiques: modélisation par homologie et reconnaissance de repliements. Cette nouvelle méthode entre dans le cadre des techniques de modélisation de novo qui ne nécessitent pas, comme celles précédemment citées, la connaissance préalable d'une structure 3D similaire.
Physical-Based Modeling and Analysis of Animal Tissue Growth and Morphogenesis
par Chadha CHETTAOUI
- Début : septembre 2008
- Soutenance : 2 juillet 2012 (mention "très honorable")
- Directeur : Benoit Perthame
- Co-encadrants : Juhui WANG (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas), Isabelle HUE (INRA/ENV Alfort/CNRS)
- Laboratoires d'accueil: équipe BANG, INRIA, Rocquencourt; unités MIA et BDR, INRA, Jouy-en-Josas
- École doctorale: Frontières du Vivant, ENS-Paris
- Financement: bourse ministère, école doctorale Frontières du Vivant, ENS-Paris
- Description (pdf)
2011
Structure du paysage agricole et risque épidémique, une approche démo-génétique
par Julien PAPAIX
- Début : octobre 2008
- Soutenance: lundi 26 septembre 2011 à 14h30 dans l'amphithéâtre Tisserand à l'AgroParisTech (16 rue Claude Bernard, Paris).
- Directeur : Hervé MONOD (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas)
- Co-encadrant : Christian LANNOUX (Unité BIOGER, INRA, Versailles)
- Laboratoires d'accueil: unités MIA , INRA, Jouy-en-Josas et BIOGER, INRA, Versailles
- École doctorale: ABIES
- Financement: contrat INRA d'ASC (Attaché Scientifique Contractuel)
- Résumé : L'intensification de l'agriculture a amélioré de façon considérable la production alimentaire ces dernières cinquante années mais elle s'est accompagnée d'un impact croissant sur l'environnement. En particulier, la modernisation de l'agriculture a impliqué une simplification de la structure des paysages agricoles rendant nos agro-ecosystèmes plus sensibles au risque épidémique. L'utilisation de la diversité génétique des cultures est une solution prometteuse pour réduire le risque d'occurrence et de propagation des maladies des cultures. Elle nécessite cependant une gestion collective des espaces agricoles. En conséquences, l'échelle d'étude ne doit plus se focaliser sur la parcelle mais sur le paysage. Dans cette thèse, nous nous interessons aux processus se déroulant à l'échelle du paysage et au rôle de la diversité des plantes cultivées pour le contrôle des épidémies. Nous avons identifié trois questions: comment les populations pathogènes se propagent-elles dans un paysage d'hôtes hétérogène ? Comment les différents génotypes composant la population pathogène entrent-ils en compétition au sein d'une population hôte diversifiée ? et, à plus long terme, comment les populations pathogènes évoluent-elles en réponse à la structure des populations hôtes ? Chacune de ces questions a été approfondie grâce à l'analyse de données obtenues en condition de production mais aussi par des approches théoriques. Nous avons montré que la composition et la structure spatiale des populations hôtes influence fortement la population pathogène. Cependant, les recommandations que peut fournir ce travail pour gérer la diversité génétique dépendent de l'objectif visé.
- pdf
Méthodes statistiques pour la régression multi-variée en grande dimension
par Jehanne RICHET
- Début : 1er octobre 2010
- Fin: juin 2011 (quitte l'INRA pour l'INSEE)
- Encadrants : Sylvie HUET (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas), Pascal MASSART (Unité Paris XI)
2010
Modélisation de la propagation de Coxiella burnetii en troupeau bovin laitier
par Aurélie COURCOUL
- Dates : décembre 2007 - 10 décembre 2010
- Directeur : François BEAUDEAU
- Co-encadrante : Elisabeta VERGU (MIA, INRA, Jouy-en-Josas)
- Université: Rennes 1
- Contrat: ASC INRA
- Laboratoires d'accueil: INRA-Oniris UMR 1300 BioEpAR, Nantes et unité MIA
- Soutenance: 10 Decembre 2010
( Aurélie est lauréate des prix de thèses de la Fondation Rennes 1. A partir de janvier 2012, elle a un poste de chercheur en épidémiologie/biostatistiques à l'ANSES.)
Etude du modèle de quantification pour la PCR quantitative temps réel. Application à la détection des OGM
par Valérie ANCEL-CHAUVENSY
Théorèmes limites pour des processus de branchement multitypes conditionnés. Illustration en analyse des risques épidémiologiques.
par Sophie PÉNISSON
- Début : fin 2007
- Soutenance : 16 juillet 2010 à l'université de Potsdam (Allemagne)
- Directeurs : Sylvie ROELLY (professeur, Université de Potsdam), Christine JACOB (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas)
- Laboratoires d'accueil: Université de Potsdam (Allemagne) et unité MIA
- École doctorale: ED internationale 1339 (Potsdam) et ED 420 (Paris 5-Paris 11)
- Financement: bourse de l'ED internationale 1339
- Description : Prédiction de l'épidémie d'ESB en Grande-Bretagne basée sur des lois conditionnées par le futur d'un processus de branchement à temps discret (travail développé en collaboration avec L. Maillard, J.B. Denis et C. Bidot) et par des modèles limites de ce modèle à temps continu.
(Sophie Pénisson a, depuis sa thèse, un poste de maître de conf à Paris XII. Elle est lauréate 2011 du prix de la meilleure thèse de l'Université Franco-Allemande décernée par l'UFA et l'APEC (prix spécial du jury). Elle avait en outre reçu la mention "summa cum laude" (mention la plus élevée) en juillet 2010 lors de la soutenance de sa thèse à l'Université de Potsdam)
Modélisation de la chaîne trophique fonctionnelle de digestion anaérobie dans le côlon humain
par Rafael MUNOZ TAMAYO
- Début : novembre 2006
- Soutenance: 22 mars 2010
- Directeur : Éric Walter (L2S, / CNRS /Université Paris 11 / Supélec)
- Co-encadrants : Kiên KIÊU (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas), Béatrice LAROCHE (L2S, Université Paris 11 / CNRS / Supélec), Marion LECLERC (Unité UEPSD, INRA, Jouy-en-Josas).
Le sujet est proposé en collaboration entre deux unités de l' INRA, l'UEPSD (Unité d'Ecologie et Physiologie du système Digestif, département MIcrobiologie et Chaîne Alimentaire) et l'unité MIA (Mathématique et Informatique Appliquées, département MIA), et le L2S (Laboratoire des Signaux et Systèmes, UMR 8509 CNRS/UPS/Supélec).
- École doctorale :Sciences et Technologies de l'Information, des Télécommunications et des Systèmes, Paris 11
- Financement : bourse INRA.
- Mots-clefs : écosystème digestif humain, digestion anaérobie, modélisation, systèmes dynamiques, intégration de données hétérogènes.
- Description (html)
Après sa thèse, Raphael effectue un post-doc aux Pays-Bas.
Analyse et modélisation d’évènements spatio-temporels en dynamique intracellulaire à partir de séquences d’images de vidéo-microscopie
par Thierry PECOT
Depuis le 1ier avril 2010, Thierry effectue un postdoc au Comprehensive Cancer Center (Ohio State University), Columbus
2009
Méthodes innovantes d'analyse de sensibilité pour les modèles dynamiques complexes utilisés en agronomie
par Matieyendou LAMBONI
- Début : novembre 2006
- Soutenance: 21 décembre 2009
- Directeur : Hervé MONOD (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas)
- Co-encadrant : David MAKOWSKI (UMR d'Agronomie INRA/INA-PG, Thiverval-Grignon)
- École doctorale : ABIES - (responsable : Jean-Jacques DAUDIN)
- Financement : bourse de thèse co-financée par les Départements MIA (Mathématique et Informatique Appliquées) et EA (Environnement-Agronomie) de l'INRA.
- Description (html)
Identifiabilité de paramètres pour des systèmes décrits par des équations aux derivées partielles - Application à la dynamique des populations
par Antoine PERASSO
- Début : octobre 2006
- Soutenance: 10 novembre 2009
- Directeurs : Yacine CHITOUR (L2S, Université Paris 11 / CNRS / Supélec) et Béatrice LAROCHE (L2S, Université Paris 11 / CNRS / Supélec)
- Co-encadrants : Suzanne TOUZEAU (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas)
- Financement : allocation de la recherche.
- Description (html),mémoire de thèse (pdf)
En 2009-2010, Antoine Perasso était ATER à l'Université Bordeaux 2 dans l'UMR5251 Institut de Mathématiques de Bordeaux. En septembre 2010, il a été recruté comme maître de conférences à l'Université de Franche-Comté (Besançon), dans l'UMR6249 Chrono-environnement, sur une chaire d'excellence en biomathématiques.
2008
Modélisation et étude des modèles mathématiques et informatiques en épidémiologie : application à la dynamique de la transmission de la tremblante dans un troupeau ovin
par Najat ZIYADI
- Début : 2004
- Soutenance: 15 décembre 2008
- Directeur : My Lhassan HBID ( Laboratoire de Mathématiques et Dynamique de Populations, Faculté des Sciences Semlalia, Université Cadi Ayyad, Marrakech, Maroc)
- Co-encadrants : Suzanne TOUZEAU (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas), Jean-Pierre TREUIL (UR079 GEODES, IRD, Bondy)
- Laboratoires d'accueil:
- Laboratoire de Mathématiques et Dynamique de Populations, Faculté des Sciences Semlalia, Université Cadi Ayyad, Marrakech, Maroc
- Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas, France
- UR079 GEODES, IRD, Bondy, France
- Université: Faculté des Sciences Semlalia, Université Cadi Ayyad, Marrakech, Maroc
- Financement: bourse IRD et bourse INRA
- Description (html), mémoire de thèse (pdf)
De mars 2009 à mai 2010, Najat était en post-doctorat au Mathematical Biosciences Institute de l'Ohio State University (Columbus, OH, USA). Depuis septembre 2010, elle est "instructor" à la Morgan State University (Baltimore, MD, USA).
Développement de méthodes d'ananlyse quantitative en neuroanatomie computationnelle. Applications à l'organisation spatiale de glomérules, neurones récepteurs olfactifs et neurones principaux des lobes antennaires d'insectes (Insect antennal lobes: Computational and functional neuroanatomy).
par Louise COUTON
- Début: septembre 2005
- Soutenance: 12 décembre 2008
- Directeurs : Jean-Pierre ROSPARS (Physiologie de l'insecte, signalisation et communication, INRA, Versailles)
Sylvia ANTON (UMR Physiologie sensorielle, INRA, Versailles)
- Co-encadrant : Kiên KIÊU (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas)
- École doctorale: numéro 158, Cerveau - cognition - Comportement (Paris 6).
- Financement : bourse de thèse INRA.
- Description (pdf)
A la suite de sa thèse, Louise a rejoint le Department of Zoology à Cambridge, GB
Risque d'émergence d'une pathologie dans une population : évaluation à l'aide d'une approche par processus extrême
par Zaher KHRAIBANI
- Début : décembre 2005
- Soutenance: 3 décembre 2008
- Directeurs de thèse : Christine JACOB (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas) et Christian DUCROT (Épidémiologie Animale, INRA, Clermont)
- École doctorale: ED 420 Paris 5- Paris 11
- Financement : bourse INRA (Département de Santé Animale et Département MIA)
- Description (pdf)
(Zaher Khraibani a, depuis sa thèse, un poste d'enseignant à l'université libanaise.)
Détermination du rôle de certaines peptidases bactériennes par inférence à partir de données hétérogènes et incomplètes
par Liliana LOPEZ
- Début de la thèse : 01 octobre 2005
- Soutenance : 7 octobre 2008
- Directeurs de thèse : Alain TRUBUIL (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas) et Véronique MONNET (Unité Biologie et Structure des Protéines, INRA, Jouy-en-Josas)
- École doctorale: ABIES
- Financement: bourse de thèse co-financée par les Départements MIA (Mathématique et Informatique Appliquées) et MICA (Microbiologie et Chaîne Alimentaire) de l'INRA
- Description
A la suite de sa thèse, Liliana est retournée en Colombie, à Bogota, dont elle est originaire; elle y occupe un poste d'enseignant-chercheur en bio-statistique à l'Université.
2007
Tests et sélection de modèles pour l’analyse de données protéomiques et transcriptomiques
par Fanny VILLERS
- Début de la thèse : 01 octobre 2004
- Soutenance : 12 décembre 2007 à Paris XI, spécialité statistiques.
- Encadrement : Sylvie HUET (Unité MIA, INRA , Jouy-en-Josas) et Pascal MASSART (Université ParisXI)
- Mémoire de thèse (pdf, 3.3 MO)
En 2008, Fanny a rejoint le laboratoire LPMA à l'Université Paris 6.
Analyse spatio-temporelle de séquences d'images issues de la video-microscopie de fluorescence 3D+T
par Ikhlef BECHAR
- Début de la thèse : 01 janvier 2005
- Soutenance : 11 décembre 2007 à l'Université René Descartes, Paris V , Mathématiques Appliquées : Spécialité Traitement d'images
- Directeur de thèse: Christine GRAFFIGNE (MAP5, Université Paris V);
- Co-encadrant: Alain TRUBUIL (Unité MIA, INRA , Jouy-en-Josas)
- Mémoire de thèse (pdf, 5MO)
Ikhlef a été post-doctorant (potsdoctoral research fellow) en 2008 au département de Médecine Cardiovasculaire de l'Université d'Oxford , Royaume Uni, puis, en 2009, à l'INRIA de Nice Sophia Antipolis.
Modélisation pour l’évaluation de stratégies de maîtrise du portage des salmonelles : couplage d’un modèle de filière porcine et d’un modèle épidémiologique de transmission
par Amandine LURETTE
- Début de la thèse : 01 novembre 2004
- Soutenance : le 22 octobre 2007 à l'Université de Rennes 1
- Directeur de thèse: Henri SEEGERS ( BioEpar, INRA/ENVN, Nantes)
- Co-encadrants: Suzanne TOUZEAU (Unité MIA, INRA , Jouy-en-Josas); Catherine BELLOC, Christine FOURICHON & Thierry HOCH (UMR GSA, INRA/ENV, Nantes)
- École doctorale: Vie-Agro-Santé, Université Rennes 1
- Financement: ASC INRA
- Description
- Mémoire de thèse (pdf, 2.6MO)
De novembre 2008 à octobre 2009, Amandine a poursuivi son contrat d'ASC par un post-doctorat à l'Université de Warwick (Angleterre). En octobre 2009, elle a été recrutée comme CR2 INRA dans l'UMR UMR868 Élevage des ruminants en régions chaudes (devenue SELMET), INRA - CIRAD - Montpellier SupAgro.
Estimation non-paramétrique et contributions à l'analyse de séquences d'images. Modélisation, simulation et estimation du trafic intra-cellulaire dans des séquences de vidéo-microscopie
par Jérôme BOULANGER
Rédaction :
AB
Date de création : 01 Octobre 2010
Mise à jour : 27 Février 2013
Contact :
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