Les projets sont classés par ordre alphabétique de leur nom.

Projets en cours

• AMAIZING : Développer de nouvelles variétés de maïs pour une agriculture durable: une approche intégrée de la génomique à la sélection
  Novembre 2011-Octobre 2019
  Projet soutenu par l'ANR dans le cadre des Initiatives d'Excellence "Biotechnologies et Bioressources"
  AMAIZING, consacré à l'espèce maïs, est construit en appui à la compétitivité du secteur français de la sélection, mais aussi pour répondre à la demande sociale de durabilité et de qualité en agriculture. Le projet a pour objectif d'aboutir à des avancées innovantes dans les méthodes de sélection et les pratiques agricoles, pour la production de variétés à haut rendement et à efficacité environnementale améliorée. Il repose sur un partenariat élargi regroupant les acteurs économiques majeurs du maïs en France et en particulier un partenariat privé unique à ce jour dans l'histoire de la recherche sur le maïs en France. Ce partenariat assurera que les nouvelles connaissances, ressources et méthodes résultant de ce projet seront transférées dans des produits et des variétés d'intérêt pour la filière française du maïs.
  L'équipe DynEnVie de MIA-Jouy participera à la Tâche consacrée aux "Approches intégratives de l'adaptation et de l'hétérosis".
      Membres de MIA-Jouy : Hervé Monod, Estelle Kuhn
      Responsable : Alain Charcosset (UMR de Génétique Végétale, Le Moulon)
      Partenaires: UMR de Génétique Végétale du Moulon, UMR0759 LEPSE (Écophysiologie des Plantes sous Stress environnementaux)
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• Escapade: Evaluation de Scénarios sur la Cascade de l'Azote dans les Paysages Agricoles et moDElisation territoriale.
  Février 2013 - Février 2017
  Projet soutenu par l'ANR dans le cadre du programme Agrobiosphère.
  Lʹobjectif de ce projet est de rechercher des voies innovantes pour optimiser l’usage de l’azote, en réduire les pertes dans l’environnement, et ainsi préserver durablement les agro-écosystèmes tout en maintenant la productivité. Des scénarios de gestion de l'azote seront évalués à différentes échelles spatiales, en se focalisant sur des modèles intégrant les processus de la cascade de l’azote à l’échelle de petits territoires (de l’ordre de 5 à 30 km2), appelés « paysages ». Le projet aboutira à une évaluation environnementale, agronomique et socio-économique des scénarios.
      Membres de MIA-Jouy : Hervé Monod
      Responsable : Jean-Louis Drouet (UMR Environnement Grandes Cultures, Grignon)
      Partenaires principaux: UMR Environnement Grandes Cultures, Grignon, UMR SAS, Rennes

• GESTER : Gestion territoriale des résistances aux maladies en réponse aux nouvelles contraintes d'utilisation des pesticides en grande culture.
  Janvier 2011-Décembre 2015
  Projet soutenu par l'ANR dans le cadre du programme Agrobiosphère.
  Réduire lʹusage des pesticides tout en maintenant la productivité actuelle nécessitera des innovations techniques et organisationnelles originales. Dans ce contexte, lʹobjectif du projet GESTER est de produire des scénarios dʹallocation des variétés résistantes à lʹéchelle des paysages cultivés, qui permettront de limiter le développement des maladies tout en préservant durablement lʹefficacité des résistances génétiques. Les scénarios produits seront évalués pour leurs performances organisationnelles, en fonction des pratiques des acteurs concernés. Ce projet réunit des équipes de champs disciplinaires complémentaires (épidémiologie, agronomie, sciences sociales, mathématiques). L'unité MIA-Jouy est responsable de la tâche transversale "Approches et outils mathématiques pour la spatialisation".
      Membres de MIA-Jouy : Hervé Monod, Suzanne Touzeau (jusqu'en nov. 2012), Caroline Bidot
      Responsable : Christian Lannou (UMR Bioger, Grignon)
      Partenaires: UR1290 BIOGER-CPP (BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes), UMR0211 Agronomie

• MIDEM : Modélisation et Inférence des Dynamiques Epidémiques Multi-souches : le cas de la grippe humaine.
  Décembre 2010-Décembre 2012
  Projet du programme DIM MalInf de la région Ile-de-France
  L’émergence de nouveaux pathogènes et leur diffusion dans une population ont des impacts importants du point de vue de la santé publique mais aussi du point de vue socio-économique. Ce projet propose d’apporter, par une approche de modélisation, des éléments de réponse quant aux mécanismes d'interactions entre différentes souches, aux conditions nécessaires pour une émergence réussie et aux modifications induites par l'établissement de plusieurs souches sur la dynamique épidémiologique du pathogène et le caractère prévisible des épidémies. Les applications concerneront la compréhension de la récurrence et des phénomènes de co-circulation et d’émergence de nouvelles souches de grippe humaine.
    Membres de MIA-Jouy: Caroline Bidot, Elisabeta Vergu
    Responsable: Bernard Cazelles, UMR 7625 UPMC-CNRS-ENS Paris

• MIHMES: Modélisation multi-échelle, de l’Intra-Hôte animal à la Métapopulation, des mécanismes de propagation d’agents pathogènes pour Evaluer des Stratégies de maîtrise
  

  2012-2016 Projet ANR, programme Investissements d'Avenir, action Bioinformatique L'objectif du projet est de produire des connaissances et des méthodes pour mieux comprendre et combattre des maladies animales endémiques infectieuses et des risques de santé publique vétérinaire.

  Par une modélisation multi-échelle des relations complexes entre processus biologiques et de conduite, des outils d'évaluation de stratégies de maîtrise aux échelles troupeau, région et filière de production seront développés. Ces outils permettront de réduire l'impact des épidémies et ainsi minimiser les pertes financières. La propagation de pathogènes dans des troupeaux sera modélisée à différentes échelles : (i) de l'individu à la population, en tenant compte de l'hétérogénéité des réponses individuelles (immunité, excrétion) par rapport aux pathogènes ; (ii) de la population à la métapopulation, en tenant compte des structures de contact entre troupeaux. Le comportement décisionnel de l'éleveur sera lui aussi intégré aux modèles. Modèles épidémiologiques et économiques seront couplés pour évaluerons l'efficacité épidémio-économique de stratégies de maîtrise intra- et inter-troupeau. Enfin, des outils d'aide à la décision seront développés à destination d'utilisateurs, des éleveurs aux gestionnaires de schémas de maîtrise collective, qui seront impliqués dans le projet.
  Cinq entités seront étudiées : Coxiella burnetii (Cb), Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (Map), et le virus de la diarrhée virale bovine (BVDV) chez les bovins ; le virus du syndrome dysgénésique respiratoire porcin (SDRPv) et le portage de Salmonella chez les porcins. Le partenariat multidisciplinaire, avec des compétences complémentaires en informatique, biomathématiques, infectiologie, immunologie, épidémiologie et économie, permettra de produire des résultats transférables à partir de systèmes complexes.
     Membres de MIA-Jouy: Caroline Bidot, Brigitte Schaeffer, Suzanne Touzeau (jusqu'en nov. 2012), Elisabeta Vergu
     Responsable : Pauline Ezanno (UMR1300 BioEpAR INRA-OnirisNantes)
     Partenaires:
  • UMR1300 BioEpAR, INRA-Oniris BioEpAR Nantes;
  • Équipe-projet MYRIADS, INRIA Rennes - Bretagne Atlantique ;
  • UMR6625 IRMAR, CNRS / Univ. Rennes 1 et 2 / ENS Cachan / INSA Rennes ;
  • UEBEP, ANSES Laboratoire de Ploufragan/Plouzané ;
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• PRICE : PRactical Implementation of Coexistence in Europe
  Janvier 2012-Décembre 2014 
  Projet européen dans le cadre du programme "KBBE.2011.1.4-03 Feasible and cost-effective crop-specific coexistence measures"
  PRICE a pour objectif de soutenir un développement et une implémentation cohérentes de stratégies de coexistence spécifiques de chaque culture, en identifiant des mesures de coexistence à coût réduit pour des cultures GM et non GM destinées à l'alimentation humaine, l'alimentation animale, ou la bio-énergie. 
  L'équipe DynEnVie de MIA-Jouy participera à une Tâche consacrée à la modélisation à l'échelle du paysage et au développement d'un outil d'aide à la décision pour l'implémentation et le suivi pratiques de la coexistence.
      Membres de MIA-Jouy : Hervé Monod, Arnaud Bensadoun (doctorant)
      Responsable : Prof. Justus Wesseler (Technische Universität München)
      Partenaires: UAR1240 ECO-INNOV (Unité Impacts Ecologiques des Innovations en Production Végétale), UMR0211 Agronomie

Projets récents

•  EPS:  Action de Recherche Collaborative, INRIA-INRA
  2009-2011
  Ce projet de recherche EPS est l'étude du développement d'approches statistiques et numériques originales des dynamiques /d'éco-systèmes bactériens/, notamment de type alimentaire, dans un but de modélisation, de prévision, de détection, de prévention et de contrôle de risques de prolifération critique (dans le cas de pathogènes). La mise en défaut des techniques statistiques classiques (non accès aux vraisemblances analytiques) nous conduit à considérer des approches numériques innovantes issues de la /théorie du Filtrage Particulaire/ (filtres à convolution, arbres généalogiques). Dans cette ARC en plus d'un travail de recherche théorique on vise à fournir des procédures informatiques validées pour la communauté des microbiologistes alimentaires. Ce projet rassemble différents partenaires microbiologistes, statisticiens, probabilistes, de l'INRA, de l'INRIA, de l'Université de Bretagne Occidentale et de l'ENV d'Alfort.
     Membres de MIA-Jouy: Jean-Pierre Gauchi, Caroline Bidot 
     Responsable: P. Del Moral, INRIA/Bordeaux

• NATORA: Flux de gènes du colza vers la ravenelle
  Janvier 2008-Décembre 2011 
  Le développement des cultures de variétés transgéniques pose la question des flux de gènes de l'espèce cultivée vers ses adventices. Dans le cas du colza (Brassica napus, AACC, 2n=38) qui est un hybride naturel entre la navette (B.rapa, AA, 2n=20) et le chou (B.oleracea, CC, 2n=18), nos travaux sur plusieurs mauvaises herbes mettent en évidence que des hybrides peuvent se produire à très faible fréquence avec la ravenelle (Raphanus raphanistrum, 2n=18). Ces hybrides sont peu fertiles mais peuvent produire une descendance expérimentalement en présence de ravenelle; ceci rend-il possible le transfert de gènes du colza dans la ravenelle? Pour évaluer les fréquences auxquelles ces transferts pourraient se produire, nous proposons d'aborder les questions suivantes: quelle est la valeur sélective des hybrides? La localisation initiale du transgène joue-t-elle un rôle sur la facilité de transfert de gènes du colza vers le génome de la ravenelle ? Est-il possible de trouver des traces d'introgression de gènes de l'espèce cultivée dans les populations naturelles de ravenelle? Ces travaux devraient permettre de proposer des outils de biovigilance.
     Membres de MIA-Jouy: Katarzyna Adamczyk, Catherine Larédo, Hervé Monod 
      Partenaires: Anne-Marie Chèvre (Amélioration des Plantes et Biotechnologies Végétales), Eric Jenczewski (Institut Jean-Pierre Bourgin)
     En savoir plus

• Quant'HACCP : Analyse des dangers - points critiques pour leur maîtrise
  Janvier 2008-Décembre 2011 
  Il faut faire évoluer l'HACCP (Analyse des dangers - points critiques pour leur maîtrise), pratique actuellement plutôt empirique et surtout centrée sur les dangers, vers une démarche quantitative basée sur la modélisation fondée sur les risques pour la santé publique, et utilisable par les exploitants. Ce projet a utilisé la méthodologie de l'appréciation quantitative des risques (AQR) pour optimiser des mesures de maîtrise des dangers microbiologiques. L'effort a été porté sur les objectifs de sécurité des aliments et les objectifs de performance, concepts nouveaux introduits par le Codex alimentarius pour deux applications précises : (i) le comportement de Listeria monocytogenes lors du procédé de fabrication et de la conservation des lardons et (ii) le devenir de Clostridium perfringens dans les plats préparés de la restauration collective . Une approche stochastique bayésienne a été adoptée, en prenant en compte les incertitudes et les variabilités, ainsi que les problèmes liés à l'échantillonnage. Des principes généraux méthodologiques en ont été tirés et communiqués au travers de plusieurs publications scientifiques et l'organisation d'un symposium le 24 novembre 2011.
     Membres de MIA-Jouy: Jean-Baptiste Denis, Elise Billoir (post-doc) 
      Partenaires principaux:
  • ANSES (LERQAP) (Coordination du projet) 23 av. du Général de Gaulle 94706 MAISONS-ALFORT CEDEX
  • ENVA (École vétérinaire d'Alfort - UEAR) 7 av. du gal de Gaulle 94704 MAISONS-ALFORT CEDEX(*) CEMAGREF UMR GENIAL - Parc de Tourvoie BP 44 92163 ANTONY CEDEX
  • AGROPARISTECH (UMR MORSE) 19 avenue du Maine 75732 PARIS CEDEX 15
  • INRA (MIA Jouy-en-Josas) Domaine de Vilvert, 78352 JOUY-EN-JOSAS CEDEX
  • INRA (Met@risk) 16 rue Claude Bernard 75231 PARIS CEDEX 05
  • IFIP 7 Avenue du Général de Gaulle 94704 MAISONS-ALFORT CEDEX
  • CNIEL Groupe AQR 42 rue de Châteaudun, 75314 PARIS CEDEX 09
      Site à consulter pour plus de détails : www.quanthaccp.fr/

• SANCRE: Santé animale, sécurité des aliments et compétitivité des filières animales régionales

  Décembre 2008-Décembre 2011 Ce projet porte sur les vulnérabilités et les atouts des territoires du Grand Ouest quant à l'impact de la santé animale sur l'économie de la production agricole.

  Le projet abordera les relations existant entre structuration spatiale de la production et santé animale : par la description des pratiques de biosécurité appliquées, des ressources disponibles pour faire face aux aléas sanitaires, par l'étude de la représentation des risques par les éleveurs et le lien à l'identité territoriale, et par l'analyse des risques épidémiques.
  L'originalité de l'approche est d'avoir construit les questions de recherche à partir des questions posées par l'économie en termes d'atouts et de vulnérabilités des filières animales et de la prise en compte de la santé animale dans la recherche d'amélioration de la compétitivité des filières.
     Membres de MIA-Jouy: Caroline Bidot, Suzanne Touzeau (jusqu'en nov. 2012), Elisabeta Vergu
     Principaux partenaires: INRA (départements Santé Animale, Mathématiques et informatique Appliquées), ENV-Nantes, Agrocampus Rennes, AFSSA, Université de Nantes, CNRS, Institut de l'Élevage, IFIP Institut du porc & différents acteurs socio-économiques.
     En savoir plus

• SimPop: Simplification et réduction de modèles en dynamique des Populations
  Janvier 2011 - Décembre 2011
  Projet RNSC/ISC-PIF, répondant à l'appel à idées 2010.
  Ce projet s'intéresse à la simplification de modèles, dans une démarche d'estimation des paramètres de modèles mécanistes complexes en dynamique des populations. Son objectif est de développer des critères systématiques facilement calculables et des formules d'erreur garantie, en exploitant au mieux les caractéristiques de quelques classes de modèles (positivité, caractère conservatif de certaines quantités biologiques). Les méthodes de simplification envisagées incluent les perturbations singulières et régulières.
     Membres de MIA-Jouy: Suzanne Touzeau (jusqu'en nov. 2012)
     Responsable: Béatrice Laroche
     Autre partenaire: Antoine Pérasso, UMR6249 Chrono-Environnement, Université de Franche Comté-Besançon/CNRS